El municipio de Masagua fue fundado en el año 1,536 por los españoles, con el nombre de San Luís Masagua. Poblado por Pipiles lo cual le dieron a su comunidad el nombre de Mazat Agui. Traducido al castellano significa, lugar de venado huyendo. Los indígenas por la necesidad de tener agua cerca de sus poblados fundaron el pueblo cerca de la corriente del rió Guacalate.
Se tienen conocimientos de la existencia del municipio de Masagua en el siglo XVIII. El municipio se fundó en el año de 1825 ya que fue en ese año que pasó a formar parte del circuito de Escuintla. Pasó de categoría a municipio el 1 de mayo de 1830.En 1883 el antiguo municipio de San Juan Mixtán se incorporó al municipio de Masagua y actualmente sus antiguos dominios forman parte del municipio. El municipio de Masagua, como todo el departamento de Escuintla, se halla ubicado en la zona costera del sur de Guatemala.
Esta es una estrecha franja que está limitada, al sur, por el océano Pacífico y al norte por la cordillera volcánica. Esta zona es comúnmente subdividida en dos: la planicie costera, que tiene una altura de 0 m hasta 300 m sobre el nivel del mar; y la bocacosta, entre los 300 m y los 1,000 m sobre el nivel del mar. La bocacosta es el límite entre la costa y el altiplano, o sea las tierras ubicadas a más altura que los 1,000 m sobre el nivel del mar.